More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3806 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  618  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  92.51 
 
 		 307 aa  578  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 305 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 322 aa  285  8e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 297 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 316 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 300 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  51.35 
 
 		 305 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 313 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  48.45 
 
 		 302 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 312 aa  279  5e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.8 
 
 		 302 aa  278  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 307 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  49.3 
 
 		 297 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 307 aa  275  7e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 305 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 298 aa  275  8e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 305 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 305 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 304 aa  265  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 306 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 310 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 322 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  47.7 
 
 		 300 aa  261  2e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  260  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 299 aa  245  9e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 317 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 317 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 317 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 317 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 317 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 295 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 295 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.75 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  37.11 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  35.56 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  33.33 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  33.33 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  33.33 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  33.33 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  33.33 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.46 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2812  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2406  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.237707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  156  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 293 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>