More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3378 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  600  1e-170  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2077  transcriptional regulator, LysR family  50.4 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  39.36 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  41.94 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  39.83 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  37.96 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.33 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  33.33 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  41.9 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  38.4 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  37.77 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.49 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.49 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.49 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.49 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.49 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.41 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.89 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  37.14 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.41 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.41 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 307 aa  133  5e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.41 
 
 		 305 aa  132  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.07 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.05 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.05 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 350 aa  125  6e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  37.94 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.38 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 296 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 296 aa  123  5e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280372 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.54 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.54 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.54 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 285 aa  122  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 290 aa  119  9e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 303 aa  119  9e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.8 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>