More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0276 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  578  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 294 aa  287  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 292 aa  243  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  44.06 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0620  LysR, substrate-binding  40.69 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  41.76 
 
 		 343 aa  179  4.999999999999999e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  43.9 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  41.26 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 303 aa  145  5e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  36.17 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 319 aa  142  8e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 310 aa  135  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 301 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  34.75 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  33.67 
 
 		 301 aa  128  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  32 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280372 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.98 
 
 		 290 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.97 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.97 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.97 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.97 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.97 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.77 
 
 		 299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  32.77 
 
 		 299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.97 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.33 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2077  transcriptional regulator, LysR family  39.69 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  119  7e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.35 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.11 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  28.92 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.25 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.25 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.25 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.25 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  32.25 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.25 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.25 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.25 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.85 
 
 		 328 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.79 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.79 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.78 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.78 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.78 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>