More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4609 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
289 aa  547  1e-155  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  61.21 
 
 
287 aa  308  5.9999999999999995e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 
290 aa  192  6e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 
311 aa  187  2e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  48.23 
 
 
285 aa  182  7e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  43.46 
 
 
298 aa  182  7e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
309 aa  181  9.000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  41.91 
 
 
294 aa  175  9.999999999999999e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  42.34 
 
 
343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 
296 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 
296 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  43.27 
 
 
296 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 
295 aa  168  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  42.97 
 
 
301 aa  161  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
294 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
294 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 
295 aa  148  8e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 
301 aa  128  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 
297 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
296 aa  125  7e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
305 aa  125  9e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
290 aa  125  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 
303 aa  124  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 
299 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  33.33 
 
 
302 aa  123  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.14 
 
 
297 aa  123  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.12 
 
 
294 aa  122  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 
302 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 
293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 
300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 
303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
300 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
300 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
300 aa  119  7e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 
300 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 
293 aa  118  9e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.21 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.21 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.21 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  30.21 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.21 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.21 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.21 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  27.92 
 
 
289 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.21 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  30.43 
 
 
311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  27.47 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
300 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.21 
 
 
305 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 
300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 
298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.86 
 
 
305 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.86 
 
 
305 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.86 
 
 
305 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.86 
 
 
305 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.86 
 
 
305 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 
309 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  25.78 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 
309 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 
309 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
299 aa  114  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.280372 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 
296 aa  113  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  30.51 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
307 aa  112  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
303 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.47 
 
 
302 aa  112  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.63 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 
303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  34.27 
 
 
301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.82 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3246  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 
300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.82 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.47 
 
 
302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 
316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.82 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.47 
 
 
305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>