More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0390 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
293 aa  569  1e-161  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 
299 aa  152  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
303 aa  150  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2077  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 
303 aa  146  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 
301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 
309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 
295 aa  139  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 
298 aa  138  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
301 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
292 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 
343 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  36.74 
 
 
294 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
297 aa  132  6.999999999999999e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  38.82 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  40.39 
 
 
301 aa  127  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 
296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
305 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 
306 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 
295 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
301 aa  122  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
294 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
308 aa  122  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 
310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
298 aa  120  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 
297 aa  119  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 
292 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
304 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  36.9 
 
 
295 aa  119  9e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
296 aa  119  9e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
296 aa  119  9e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
299 aa  118  9e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.280372 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.77 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  33.77 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 
298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.34 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
299 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
297 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 
296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 
302 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.17 
 
 
290 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  32.52 
 
 
287 aa  115  6.9999999999999995e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  35.65 
 
 
290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0620  LysR, substrate-binding  35.19 
 
 
307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 
296 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 
304 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
302 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 
307 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.34 
 
 
299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  35.32 
 
 
301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  27.53 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 
289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
303 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.99 
 
 
299 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.99 
 
 
299 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.99 
 
 
299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 
298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 
302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 
297 aa  112  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 
299 aa  112  5e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 
300 aa  112  6e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
323 aa  112  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 
297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 
308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.28 
 
 
299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 
299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  30.28 
 
 
299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
297 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  28.14 
 
 
289 aa  110  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
300 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
308 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  35.23 
 
 
299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  35.23 
 
 
299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>