More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1281 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 290 aa  562  1.0000000000000001e-159  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  48.62 
 
 		 343 aa  202  6e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  43.75 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  44.72 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  42.49 
 
 		 295 aa  187  3e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  45.35 
 
 		 319 aa  185  7e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  46.06 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 296 aa  168  8e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 296 aa  168  8e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  44.68 
 
 		 285 aa  166  5.9999999999999996e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  37.3 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  125  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 313 aa  123  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.35 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  30.36 
 
 		 312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.81 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280372 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  35.65 
 
 		 293 aa  115  7.999999999999999e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.15 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 319 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 311 aa  112  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 297 aa  112  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  40.5 
 
 		 337 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.58 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.37 
 
 		 299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.94 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.37 
 
 		 299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 300 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.43 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.37 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 293 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4828  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 291 aa  109  7.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 293 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.37 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  29.85 
 
 		 326 aa  108  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  30.56 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.66 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  30.9 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  30.9 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.66 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  30.9 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  30.9 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.21 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  30.9 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>