More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_4648 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  98.69 
 
 
305 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 
305 aa  328  9e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 
306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
297 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
297 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
297 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 
313 aa  302  5.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  49.01 
 
 
322 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 
312 aa  299  3e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
297 aa  298  6e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  49.32 
 
 
297 aa  298  6e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  48.18 
 
 
305 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
307 aa  289  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 
307 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 
313 aa  286  4e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  47.52 
 
 
305 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 
316 aa  286  4e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 
304 aa  285  5e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 
305 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 
307 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 
307 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.42 
 
 
302 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  45.08 
 
 
300 aa  279  5e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 
302 aa  278  6e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 
307 aa  275  9e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 
322 aa  267  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 
307 aa  266  5e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 
300 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 
299 aa  261  8.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 
317 aa  255  8e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
317 aa  254  9e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 
317 aa  254  9e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
317 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 
317 aa  254  9e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
317 aa  253  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 
298 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
310 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 
302 aa  219  6e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
298 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
298 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
298 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
298 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
298 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
296 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
295 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
295 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
295 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
295 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
300 aa  185  9e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
299 aa  178  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  33.45 
 
 
308 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  33.45 
 
 
308 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  33.45 
 
 
308 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  33.45 
 
 
308 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
298 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
300 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  33.1 
 
 
308 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.75 
 
 
297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
300 aa  162  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 
299 aa  162  9e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 
299 aa  162  9e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
300 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
298 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
298 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
300 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
300 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
298 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
298 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
299 aa  159  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
300 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
300 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  34.24 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
297 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.08 
 
 
304 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
301 aa  155  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
297 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 
299 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
298 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
298 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
305 aa  152  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
308 aa  152  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
308 aa  152  8e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>