More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003682 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 289 aa  590  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  93.43 
 
 		 289 aa  560  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  69.9 
 
 		 289 aa  420  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  59.72 
 
 		 290 aa  375  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  58.1 
 
 		 294 aa  352  2.9999999999999997e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 295 aa  285  4e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  44.91 
 
 		 300 aa  272  5.000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  44.91 
 
 		 300 aa  268  7e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 289 aa  268  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 293 aa  257  1e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 295 aa  257  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 293 aa  255  7e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 293 aa  255  7e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 293 aa  253  3e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 293 aa  250  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 293 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 296 aa  248  9e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 293 aa  248  1e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 305 aa  242  5e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.41 
 
 		 294 aa  231  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  42.51 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 299 aa  229  4e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.01 
 
 		 293 aa  215  5.9999999999999996e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  29.76 
 
 		 296 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  29.76 
 
 		 296 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  29.76 
 
 		 296 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.1 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.63 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.1 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.63 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.63 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.63 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.63 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.63 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.1 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.53 
 
 		 299 aa  148  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.74 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.31 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.74 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.74 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.25 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.85 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.67 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.42 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 296 aa  139  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.08 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.37 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.63 
 
 		 328 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 311 aa  132  5e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 350 aa  132  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 295 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.87 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.18 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.18 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  28.92 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 317 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.25 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.66 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.66 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.66 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>