More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1916 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  597  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  97.61 
 
 		 293 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  97.61 
 
 		 293 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  97.27 
 
 		 293 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  95.22 
 
 		 293 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  95.22 
 
 		 293 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  95.22 
 
 		 293 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  95.22 
 
 		 293 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  95.9 
 
 		 293 aa  565  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  78.31 
 
 		 295 aa  479  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  75.77 
 
 		 289 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  73.04 
 
 		 293 aa  450  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  72.05 
 
 		 296 aa  431  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  70.31 
 
 		 293 aa  429  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 295 aa  278  6e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  43.3 
 
 		 289 aa  248  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 289 aa  246  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  42.27 
 
 		 289 aa  242  7e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  42.21 
 
 		 290 aa  235  5.0000000000000005e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 300 aa  228  8e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  40 
 
 		 294 aa  216  5e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.06 
 
 		 294 aa  215  7e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.72 
 
 		 293 aa  195  8.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 293 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 293 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  28.04 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.18 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.18 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.8 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.18 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.8 
 
 		 299 aa  122  9e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.8 
 
 		 299 aa  122  9e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.8 
 
 		 299 aa  122  9e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 324 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 300 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 350 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.39 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.32 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 294 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  32.11 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.72 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 326 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 326 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 326 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  26.96 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>