More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2914 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  603  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  85.08 
 
 		 289 aa  510  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  77.97 
 
 		 293 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  77.97 
 
 		 293 aa  481  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  77.97 
 
 		 293 aa  481  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  77.97 
 
 		 293 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  78.31 
 
 		 293 aa  479  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  77.97 
 
 		 293 aa  478  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  77.97 
 
 		 293 aa  478  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 		 293 aa  475  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 		 293 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  76.27 
 
 		 293 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  76.95 
 
 		 296 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  68.47 
 
 		 293 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 295 aa  269  2.9999999999999997e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  45.7 
 
 		 289 aa  264  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  44.67 
 
 		 289 aa  257  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 289 aa  253  3e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 300 aa  234  9e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 300 aa  232  6e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.55 
 
 		 290 aa  232  7.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  39.93 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.88 
 
 		 294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.43 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 296 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.23 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.23 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.27 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.83 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.83 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.83 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.83 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 350 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 293 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 311 aa  118  9e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.76 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  25.85 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.42 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.42 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.42 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.42 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.42 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.05 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.42 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 302 aa  112  5e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 300 aa  112  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 328 aa  113  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.06 
 
 		 304 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  24.74 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>