More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0828 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  59.59 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0988  LysR family transcriptional regulator  58.9 
 
 		 296 aa  361  8e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3026  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 296 aa  353  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1046  LysR family transcriptional regulator  59.25 
 
 		 296 aa  350  2e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 298 aa  349  3e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0921  LysR family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 296 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.422562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0884  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 296 aa  342  4e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000164987  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3051  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 296 aa  341  8e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000517942  normal  0.0334887 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0901  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 		 302 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000228882 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2928  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 		 296 aa  329  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0645759  normal  0.282889 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  38.62 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  38.28 
 
 		 294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.36 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 293 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0420  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1693  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19670  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.663565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 295 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 293 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 293 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0340  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 296 aa  172  7.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0324  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 295 aa  152  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  30.58 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 291 aa  149  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 295 aa  149  7e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  29.79 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  29.79 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  29.79 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  29.79 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  29.79 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 310 aa  142  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  26.46 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1324  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  29.97 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  29.97 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  29.97 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  29.97 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.53 
 
 		 294 aa  126  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.69 
 
 		 290 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0291  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>