More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1224 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  593  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  69.9 
 
 		 289 aa  420  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  68.86 
 
 		 289 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  62.15 
 
 		 290 aa  375  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  60.22 
 
 		 294 aa  359  3e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 295 aa  291  9e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 307 aa  261  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 296 aa  257  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  43.16 
 
 		 300 aa  256  3e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 289 aa  255  7e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 293 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 295 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 293 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 293 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 293 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 293 aa  247  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 293 aa  246  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 293 aa  244  9e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 293 aa  244  9e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 299 aa  235  7e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.93 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 305 aa  232  4.0000000000000004e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  43.51 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.88 
 
 		 293 aa  209  6e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 297 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.64 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 296 aa  158  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.99 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 311 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 311 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.58 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.33 
 
 		 299 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 299 aa  142  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.18 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.33 
 
 		 299 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.87 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 310 aa  142  5e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 316 aa  142  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 316 aa  142  7e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.98 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.98 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.82 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.82 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.98 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.93 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.77 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.82 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 343 aa  138  8.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 350 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.07 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 316 aa  136  5e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 317 aa  135  8e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>