More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2850 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  594  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  60.42 
 
 		 289 aa  376  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  59.72 
 
 		 289 aa  375  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  62.15 
 
 		 289 aa  375  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  60.21 
 
 		 294 aa  375  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  45.26 
 
 		 300 aa  278  9e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 		 300 aa  275  6e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 305 aa  246  4e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  41.05 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 289 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 293 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 293 aa  236  2e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 293 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 293 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 293 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 293 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 295 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 293 aa  228  6e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 293 aa  227  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  41.05 
 
 		 304 aa  225  7e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.02 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 297 aa  208  7e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 311 aa  168  9e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 311 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.68 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.68 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.33 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  33.68 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 317 aa  157  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.33 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.33 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.33 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.42 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 300 aa  152  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 310 aa  152  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 343 aa  149  4e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.8 
 
 		 311 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.8 
 
 		 311 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.8 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.8 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.8 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.8 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 293 aa  145  5e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.27 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.27 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.27 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 350 aa  143  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.72 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.22 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.45 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.79 
 
 		 304 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.8 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.51 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.51 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.51 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  28.22 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>