More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1440 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  76.95 
 
 		 295 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  72.88 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 293 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 293 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  71.19 
 
 		 293 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 293 aa  434  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  71.86 
 
 		 293 aa  437  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 293 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  72.05 
 
 		 293 aa  431  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 293 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 293 aa  433  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  70.85 
 
 		 293 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 293 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 295 aa  259  3e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 289 aa  257  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  43.15 
 
 		 289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  42.12 
 
 		 289 aa  248  9e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  42.47 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  39.8 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 300 aa  223  4e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.3 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.3 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 293 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 317 aa  132  9e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.92 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  30.92 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  27.74 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.53 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  27.4 
 
 		 296 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  27.4 
 
 		 296 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  27.4 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.15 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.15 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.15 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.15 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.73 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 350 aa  119  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.17 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 300 aa  112  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 313 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 296 aa  112  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 343 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 292 aa  109  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  24.41 
 
 		 292 aa  109  4.0000000000000004e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1242  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 309 aa  109  6e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00379242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1565  malolactic fermentation system transcription activator  27.24 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4333  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 325 aa  109  7.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>