More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0383 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  583  1.0000000000000001e-165  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  67.89 
 
 		 310 aa  390  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  65.75 
 
 		 316 aa  369  1e-101  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  65.29 
 
 		 317 aa  364  1e-100  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  64.16 
 
 		 310 aa  352  2.9999999999999997e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  63.45 
 
 		 316 aa  347  2e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  61.99 
 
 		 316 aa  347  2e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  61.28 
 
 		 350 aa  335  5e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  56.51 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 311 aa  301  6.000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.86 
 
 		 299 aa  157  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.96 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.11 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.11 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.52 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.37 
 
 		 300 aa  155  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.17 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  35.17 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 318 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 316 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  39.11 
 
 		 310 aa  147  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.13 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  39.82 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 343 aa  146  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  37.3 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.45 
 
 		 292 aa  145  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.79 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.58 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  35.87 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 296 aa  144  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 313 aa  142  9e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  35.2 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.68 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  32.19 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.73 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  36.6 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  38.74 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.67 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  40.38 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  37.18 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 295 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  33.69 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 375 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  33.69 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  33.69 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.73 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 309 aa  139  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  36.25 
 
 		 312 aa  139  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  31.01 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  38.77 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>