More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4118 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  640    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  58.96 
 
 		 331 aa  355  5e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 325 aa  318  9e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 316 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 316 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 335 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 312 aa  185  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 341 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 319 aa  176  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 309 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  36.54 
 
 		 320 aa  169  8e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 320 aa  164  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  36.21 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 320 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.36 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 306 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  36.84 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 306 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 306 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  34.42 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 316 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.79 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 324 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  156  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.4 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.77 
 
 		 323 aa  148  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 327 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.66 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  33.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.12 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  33.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.86 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.86 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.53 
 
 		 312 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.86 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 329 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.46 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 310 aa  143  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 310 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 308 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>