More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1366 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  82.82 
 
 		 311 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  45.83 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  44.29 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 300 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  44.01 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 299 aa  211  9e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 329 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 312 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  34.01 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 332 aa  158  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 324 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 333 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.82 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 320 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  30.98 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 310 aa  138  8.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 345 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 328 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.33 
 
 		 295 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.62 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  31.9 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 309 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.54 
 
 		 323 aa  129  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.07 
 
 		 334 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.67 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 308 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  120  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 339 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.39 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 328 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 307 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  27.62 
 
 		 318 aa  119  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  28.51 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 309 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  29.85 
 
 		 308 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2682  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>