More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0841 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  624  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 329 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 328 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 313 aa  257  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 307 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 303 aa  245  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 304 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  29.77 
 
 		 331 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 309 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 325 aa  149  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2549  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 619 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.33908  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  30.61 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 319 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.65 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 311 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.31 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 303 aa  125  9e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 324 aa  122  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  28.21 
 
 		 320 aa  122  9e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 345 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 289 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  29.17 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 311 aa  116  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 300 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 300 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.86 
 
 		 334 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5968  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.443129  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  29.39 
 
 		 292 aa  112  9e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  29.84 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.84 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.26 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.44 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  29.45 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.33 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.35 
 
 		 313 aa  106  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>