More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5968 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5968  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  634    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.443129  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5634  LysR family transcriptional regulator  69.54 
 
 		 325 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249387 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4934  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3226  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1567  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 314 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6263  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 314 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6739  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 314 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2682  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  195  9e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.58 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.09 
 
 		 295 aa  149  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 345 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 309 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 309 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  30.45 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 319 aa  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 335 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 320 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 325 aa  97.4  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 303 aa  96.7  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1443  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 314 aa  96.3  6e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 329 aa  96.3  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 310 aa  96.3  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  24.5 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  24.5 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 307 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.07 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 324 aa  94  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 306 aa  93.6  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  27.45 
 
 		 301 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 308 aa  92.4  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 316 aa  90.9  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.14 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  28.62 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 323 aa  90.9  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  26.76 
 
 		 320 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 304 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 341 aa  90.1  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.14 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 315 aa  89.4  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 313 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 324 aa  89.4  8e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 308 aa  89  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 324 aa  89  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 308 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  26.36 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 329 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 304 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  21.81 
 
 		 292 aa  86.7  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  21.81 
 
 		 292 aa  86.7  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  27.94 
 
 		 318 aa  85.9  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 313 aa  85.9  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 320 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  28.14 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>