More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1743 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  90.67 
 
 		 302 aa  550  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  68.46 
 
 		 328 aa  426  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  68.79 
 
 		 329 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  70 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  64.98 
 
 		 303 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  63.64 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 304 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 307 aa  294  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  50.69 
 
 		 308 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 309 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2549  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 619 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.33908  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  31.63 
 
 		 331 aa  142  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 329 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 319 aa  132  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 328 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 335 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 345 aa  122  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 312 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.43 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 324 aa  119  7e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 292 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 323 aa  119  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 324 aa  118  9e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 306 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 306 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.68 
 
 		 295 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  28.12 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  27.96 
 
 		 318 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 320 aa  112  9e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.75 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 313 aa  109  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 304 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 317 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  25.83 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 313 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 320 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 314 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 317 aa  105  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 343 aa  105  9e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 327 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.76 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  28.33 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.48 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30 
 
 		 334 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  25.77 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  28.57 
 
 		 301 aa  102  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.44 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 341 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>