More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0879 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  95 
 
 		 300 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  87.33 
 
 		 300 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  78.93 
 
 		 299 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  67.22 
 
 		 306 aa  404  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 299 aa  311  9e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  46.67 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 302 aa  234  9e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 292 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 329 aa  183  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 332 aa  175  8e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 324 aa  172  6.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.67 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 333 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 341 aa  168  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  34.18 
 
 		 331 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 316 aa  159  6e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 320 aa  156  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.52 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  33.71 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  35.38 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 335 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 328 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 329 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  34.17 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 336 aa  145  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 332 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 327 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.77 
 
 		 312 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.53 
 
 		 305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 309 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 345 aa  135  8e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.21 
 
 		 295 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.77 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.82 
 
 		 334 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.46 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 324 aa  125  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 307 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  123  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 310 aa  122  6e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  29.19 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  29.19 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.45 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5552  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1798  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.103195  normal  0.329714 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  27.63 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>