More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_C5891 on replicon NC_007336
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
302 aa  600  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  90.67 
 
 
300 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  90.67 
 
 
300 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  70.53 
 
 
329 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  70.2 
 
 
328 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  73.06 
 
 
313 aa  424  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  66.33 
 
 
303 aa  391  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  65.32 
 
 
307 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 
304 aa  378  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 
307 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
308 aa  278  7e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 
308 aa  275  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
309 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
304 aa  203  3e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  31.63 
 
 
331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
316 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
309 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
316 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
325 aa  142  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 
319 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
320 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
328 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
329 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2549  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
619 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.33908  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
335 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.37 
 
 
307 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
312 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 
332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 
316 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  36.26 
 
 
324 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 
324 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 
323 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
310 aa  124  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
345 aa  122  9e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
302 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 
324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
306 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  28.3 
 
 
318 aa  119  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 
316 aa  119  7.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 
310 aa  119  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
292 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
303 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 
306 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 
316 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
319 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
306 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
306 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  28.82 
 
 
300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 
301 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.03 
 
 
295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
300 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 
313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
310 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
306 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 
320 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
308 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 
317 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 
312 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.16 
 
 
334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
308 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 
313 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 
300 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 
320 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
327 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
314 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.48 
 
 
313 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
308 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.9 
 
 
323 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  27.91 
 
 
308 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  26.62 
 
 
320 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 
293 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
308 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
320 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.05 
 
 
307 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
336 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
304 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 
339 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  27.91 
 
 
308 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 
343 aa  106  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  29.33 
 
 
302 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
308 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
313 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.63 
 
 
305 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
300 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  29.33 
 
 
301 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
300 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 
300 aa  102  6e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>