More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5176 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  87.33 
 
 		 300 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  86.33 
 
 		 300 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  77.26 
 
 		 299 aa  474  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 		 306 aa  399  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 299 aa  323  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 306 aa  245  8e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 303 aa  241  7.999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  46.88 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 311 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 332 aa  178  8e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 329 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.44 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  36.84 
 
 		 331 aa  172  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 310 aa  168  8e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 320 aa  166  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 324 aa  165  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  36.46 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 312 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 316 aa  155  8e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.52 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 325 aa  148  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 335 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 318 aa  145  8.000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 315 aa  145  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 336 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 332 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 329 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  34.3 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 345 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 327 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 319 aa  136  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 314 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 316 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.06 
 
 		 323 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 306 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 316 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.08 
 
 		 305 aa  128  9.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.98 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 324 aa  126  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.53 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.48 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.66 
 
 		 307 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 310 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.77 
 
 		 312 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  31 
 
 		 292 aa  122  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01461  transcriptional regulator, LysR family protein  29.37 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.67 
 
 		 313 aa  115  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 325 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5552  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.08 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.08 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0443  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.08 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.67 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  29.67 
 
 		 305 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 305 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.67 
 
 		 305 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  29.67 
 
 		 305 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>