More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_2549 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_2549  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 619 aa  1250    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.33908  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 329 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 328 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 307 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 302 aa  133  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 309 aa  133  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 303 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 313 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 307 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 304 aa  128  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 304 aa  110  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 306 aa  100  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 303 aa  99.4  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  98.6  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  27.91 
 
 		 300 aa  97.8  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 300 aa  96.3  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 305 aa  95.1  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 299 aa  94.7  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 306 aa  93.2  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 310 aa  91.7  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 319 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 332 aa  90.5  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 328 aa  90.5  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  26.56 
 
 		 318 aa  89  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 309 aa  88.2  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  23.95 
 
 		 331 aa  87.8  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 341 aa  85.1  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 304 aa  83.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.41 
 
 		 307 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.03 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.03 
 
 		 305 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.03 
 
 		 305 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  27.03 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  27.03 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.03 
 
 		 305 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.03 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 336 aa  82  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 324 aa  82.4  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.03 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.62 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 327 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 299 aa  79.3  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 311 aa  79  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 329 aa  78.6  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3436  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.91 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.716587  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02985  DNA-binding transcriptional activator  26.8 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0585  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02936  hypothetical protein  26.8 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4431  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.8 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0908114 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3306  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.8 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180291  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3592  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.8 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0580  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.8 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3414  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.8 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.04 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3603  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.91 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.835154 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3239  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.4 
 
 		 312 aa  77  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 310 aa  76.6  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 325 aa  76.6  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3540  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.51 
 
 		 312 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0279339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3507  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.51 
 
 		 312 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3433  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.51 
 
 		 312 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 304 aa  75.9  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 294 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 322 aa  75.5  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  25.38 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  25.09 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 300 aa  73.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 313 aa  73.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 308 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3565  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.64 
 
 		 312 aa  73.6  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 310 aa  73.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>