More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B5219 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 
295 aa  593  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.7 
 
 
334 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  39.78 
 
 
323 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1567  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
314 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6263  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
314 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4934  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
314 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3226  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
314 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6739  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
314 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  32.65 
 
 
331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 
325 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
316 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
316 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5634  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
325 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249387 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2682  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
301 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5968  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 
316 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.443129  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
324 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
335 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
328 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
329 aa  139  7.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
300 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  31.67 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
292 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 
311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
299 aa  129  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 
308 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 
300 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
304 aa  125  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  31.65 
 
 
318 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
299 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 
313 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  28.52 
 
 
320 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
319 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
333 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
312 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
336 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
327 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
345 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
303 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
341 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 
300 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 
300 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
322 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3085  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0128123 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
320 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 
329 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 
328 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 
309 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.43 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 
339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.21 
 
 
312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 
309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
316 aa  110  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  28.18 
 
 
299 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
316 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
320 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 
306 aa  108  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
317 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
320 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
311 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 
316 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
310 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 
316 aa  105  7e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
305 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1443  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 
314 aa  104  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
315 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 
304 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  29.15 
 
 
302 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 
313 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 
303 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 
307 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 
304 aa  99  8e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.77 
 
 
307 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 
295 aa  97.4  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
310 aa  97.1  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 
320 aa  96.7  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0803  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
308 aa  95.9  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
317 aa  96.3  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
306 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 
310 aa  95.9  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
306 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
324 aa  95.9  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
308 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
295 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
306 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>