More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3382 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  628  1e-179  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 317 aa  337  9.999999999999999e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 325 aa  150  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  31.41 
 
 		 331 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  31.78 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 341 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.77 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 319 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  34.96 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 320 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  34.19 
 
 		 300 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 325 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 315 aa  115  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.14 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  35.86 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  35.86 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.46 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.46 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.4 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 309 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 328 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  31.1 
 
 		 299 aa  110  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 312 aa  108  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 335 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3085  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 329 aa  102  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128123 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 328 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.28 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.55 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.44 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  29.85 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.44 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4934  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3226  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.86 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  99.4  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.44 
 
 		 299 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.44 
 
 		 299 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 299 aa  99  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.24 
 
 		 307 aa  99  9e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 317 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 308 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 308 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>