More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3766 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
320 aa  643    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  97.5 
 
 
320 aa  626  1e-178  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  69.16 
 
 
315 aa  421  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 
300 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  36.19 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
306 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
324 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 
319 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 
325 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 
311 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 
316 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
306 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.91 
 
 
307 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
300 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
306 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  33.87 
 
 
318 aa  155  7e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 
305 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  35.25 
 
 
300 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
313 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
299 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 
335 aa  152  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.67 
 
 
307 aa  152  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
312 aa  152  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  42.58 
 
 
310 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
304 aa  149  5e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
306 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
341 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
292 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
320 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
345 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
329 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  38.76 
 
 
302 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
316 aa  136  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  43.79 
 
 
323 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.64 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.57 
 
 
307 aa  132  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  28.2 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  39.53 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.53 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
310 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  39.53 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.53 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.53 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.53 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 
328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.53 
 
 
307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.95 
 
 
305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.39 
 
 
313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
320 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 
332 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
308 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  31.73 
 
 
308 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
308 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 
329 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
310 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
308 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
308 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  31.33 
 
 
308 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
312 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
333 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
308 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 
309 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 
301 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
308 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.18 
 
 
295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 
325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  37.96 
 
 
324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 
316 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
290 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
290 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
290 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  27.41 
 
 
339 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.56 
 
 
304 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
306 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 
313 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>