More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6344 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  610  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 309 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 316 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 328 aa  182  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 320 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  35.5 
 
 		 331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 325 aa  162  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  35.29 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.55 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.18 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.18 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.18 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.18 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 320 aa  152  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  34.85 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  34.85 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.85 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.95 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 306 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 324 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 324 aa  142  7e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.02 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  34.98 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  37.9 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 316 aa  136  5e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 316 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  32.56 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 319 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.63 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.07 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 313 aa  129  6e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  32 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3085  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 329 aa  126  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128123 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 328 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 329 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 313 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.43 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 302 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 332 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 332 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 317 aa  119  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  28.39 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 336 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 323 aa  116  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 332 aa  113  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>