More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_3085 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_3085  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  676    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128123 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01461  transcriptional regulator, LysR family protein  35.03 
 
 		 326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 328 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  28.48 
 
 		 331 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 324 aa  122  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.37 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  28.62 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 332 aa  119  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.38 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.55 
 
 		 305 aa  112  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  29.71 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 335 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  27.72 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  36.69 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  36.69 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.69 
 
 		 307 aa  108  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.69 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.69 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.69 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.69 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.09 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.12 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 303 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 306 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 319 aa  106  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 309 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 300 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  29.43 
 
 		 320 aa  102  8e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  29.32 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.33 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.21 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 300 aa  100  5e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 305 aa  99.4  8e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  99  9e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.2 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 302 aa  97.8  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 292 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  24.33 
 
 		 329 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 311 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5443  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.261718  normal  0.0544957 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.93 
 
 		 293 aa  94.4  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.32 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 350 aa  94  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 345 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 296 aa  94  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.32 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.32 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 308 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 308 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.86 
 
 		 299 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>