More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01461 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01461  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 326 aa  671    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3085  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 329 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128123 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  28.67 
 
 		 331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 341 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  30.07 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.8 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 324 aa  109  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 336 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 299 aa  109  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 306 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  27.62 
 
 		 318 aa  104  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 316 aa  102  7e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.71 
 
 		 323 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  102  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 345 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  28 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  25.65 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.37 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  29.5 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 306 aa  99.4  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.2 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 313 aa  96.3  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 312 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.95 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  28.2 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  28.2 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  28.2 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 317 aa  92.4  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.52 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.2 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.2 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.2 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 320 aa  90.1  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 339 aa  90.1  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 313 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 292 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  29.72 
 
 		 306 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 302 aa  89.4  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 304 aa  89  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 317 aa  89  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 328 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 308 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 314 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 329 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1457  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 323 aa  87.4  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 306 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  26.23 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000392  transcriptional regulator of alpha-acetolactate operon AlsR  27.96 
 
 		 293 aa  87.8  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00388737  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 315 aa  87  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>