More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2041 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 		 327 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  78.95 
 
 		 320 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  72.84 
 
 		 322 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  33.97 
 
 		 331 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 325 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 328 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  33.77 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 316 aa  135  8e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 312 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 306 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 306 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 336 aa  123  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.65 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.73 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.08 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 303 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 312 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 310 aa  115  6e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 329 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 328 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  27.05 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  30.92 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  29.39 
 
 		 289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 289 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 329 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.48 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  30.03 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.87 
 
 		 334 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 301 aa  105  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.33 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.8 
 
 		 304 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 341 aa  102  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.35 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>