More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_01898 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  100 
 
 
305 aa  619  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
305 aa  619  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  99.34 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  100 
 
 
305 aa  619  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  99.67 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  99.67 
 
 
305 aa  619  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  99.67 
 
 
305 aa  618  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  99.67 
 
 
305 aa  619  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  99.02 
 
 
307 aa  592  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  82.3 
 
 
305 aa  530  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  60.46 
 
 
307 aa  363  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  50.49 
 
 
307 aa  305  5.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  53.92 
 
 
323 aa  298  7e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  54.42 
 
 
302 aa  298  9e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  49.32 
 
 
313 aa  269  4e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  41.91 
 
 
316 aa  218  7e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  40.61 
 
 
301 aa  217  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 
301 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 
306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
303 aa  179  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
312 aa  178  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
316 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
335 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 
328 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
309 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
302 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 
311 aa  165  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  37.9 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
324 aa  160  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
329 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 
324 aa  159  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
313 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
323 aa  155  9e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 
308 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
320 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 
310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
316 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 
308 aa  148  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 
308 aa  148  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  32.91 
 
 
308 aa  148  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
320 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  32.91 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
310 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1447  transcriptional regulator, LysR family  75.82 
 
 
91 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1515  transcriptional regulator, LysR family  76.67 
 
 
91 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.70897  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2674  transcriptional regulator, LysR family  75.82 
 
 
91 aa  146  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.237229  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1589  transcriptional regulator, LysR family  75.82 
 
 
91 aa  146  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.794888  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  31.41 
 
 
318 aa  146  5e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  31.83 
 
 
331 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
310 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
324 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
308 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
313 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
308 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 
317 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 
317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 
308 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 
320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  29.97 
 
 
320 aa  132  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.6 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
315 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
306 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
341 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
306 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
332 aa  122  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  28.42 
 
 
300 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  31.38 
 
 
299 aa  122  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 
320 aa  122  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 
308 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
299 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.6 
 
 
292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
305 aa  119  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
332 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
336 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 
339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34 
 
 
295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2682  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
301 aa  115  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
311 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
309 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
296 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.04 
 
 
307 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>