More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2004 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  573  1.0000000000000001e-163  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 324 aa  178  8e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 316 aa  175  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  35.2 
 
 		 331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 336 aa  159  8e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  33.7 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 320 aa  149  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 313 aa  145  6e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  34.55 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  30.5 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 311 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 310 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 341 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 324 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 345 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 310 aa  129  8.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.76 
 
 		 295 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 308 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 327 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 339 aa  122  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 320 aa  122  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  31.86 
 
 		 299 aa  119  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 310 aa  119  7.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.23 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 328 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.16 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.87 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  34.08 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 332 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  32.48 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.18 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.37 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 316 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1443  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 304 aa  105  7e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>