More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_2590 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  100 
 
 
307 aa  635    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  62.46 
 
 
302 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  62.03 
 
 
323 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  57.19 
 
 
307 aa  348  8e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  58.45 
 
 
313 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  53.09 
 
 
305 aa  322  5e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  50.49 
 
 
305 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  50.49 
 
 
305 aa  297  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  50.49 
 
 
305 aa  297  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  50.49 
 
 
305 aa  297  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  50.49 
 
 
305 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  50.16 
 
 
305 aa  296  3e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  50.49 
 
 
305 aa  296  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  50.49 
 
 
305 aa  296  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  50.16 
 
 
307 aa  292  6e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  44.85 
 
 
306 aa  254  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 
301 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  42.71 
 
 
301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 
316 aa  229  6e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
316 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
316 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 
312 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
328 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
303 aa  170  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
306 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
306 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
305 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
306 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
309 aa  169  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
335 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
310 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
302 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
306 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
323 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 
311 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  31.88 
 
 
300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
324 aa  156  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 
299 aa  155  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
300 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 
316 aa  152  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 
320 aa  152  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
332 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 
300 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
329 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
324 aa  149  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 
324 aa  149  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
306 aa  149  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  32 
 
 
320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
310 aa  145  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
320 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
313 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  31.13 
 
 
331 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
325 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  29.78 
 
 
339 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 
310 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
308 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.45 
 
 
307 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
308 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  27.09 
 
 
318 aa  134  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1515  transcriptional regulator, LysR family  73.49 
 
 
91 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.70897  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1589  transcriptional regulator, LysR family  73.49 
 
 
91 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.794888  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2674  transcriptional regulator, LysR family  73.49 
 
 
91 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.237229  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1447  transcriptional regulator, LysR family  73.49 
 
 
91 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
299 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
320 aa  132  9e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
319 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  34.15 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
308 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
292 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
313 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  33.74 
 
 
308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
311 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
333 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
310 aa  124  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
308 aa  122  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 
317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
304 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
306 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
317 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
316 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 
312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
328 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
313 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
336 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  25.8 
 
 
308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 
345 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 
329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.65 
 
 
295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>