More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6361 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  643    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  73.7 
 
 		 313 aa  435  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  68.9 
 
 		 302 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  62.03 
 
 		 307 aa  382  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  59.25 
 
 		 307 aa  332  6e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  57 
 
 		 305 aa  325  7e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  54.27 
 
 		 305 aa  301  9e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  54.27 
 
 		 305 aa  301  9e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  53.92 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  53.92 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  53.92 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  53.92 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  53.92 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  53.92 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  53.56 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  51.15 
 
 		 306 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  51.17 
 
 		 301 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  44.52 
 
 		 301 aa  252  6e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  43.67 
 
 		 316 aa  237  2e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 316 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 316 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  43.13 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 335 aa  206  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 306 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 316 aa  175  8e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 320 aa  174  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 324 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  43.03 
 
 		 324 aa  170  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  39.68 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 324 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 323 aa  162  9e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  35.74 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 339 aa  153  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  34 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 317 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 306 aa  149  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  34.43 
 
 		 320 aa  145  6e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 292 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 311 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1447  transcriptional regulator, LysR family  82.28 
 
 		 91 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1589  transcriptional regulator, LysR family  72.53 
 
 		 91 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.794888  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2674  transcriptional regulator, LysR family  72.53 
 
 		 91 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.237229  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  32.37 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1515  transcriptional regulator, LysR family  81.01 
 
 		 91 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.70897  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 341 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 304 aa  125  9e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.97 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 308 aa  123  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 304 aa  122  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.76 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>