More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7653 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  595  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  35.1 
 
 		 331 aa  169  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 324 aa  159  6e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 316 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 319 aa  135  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 320 aa  135  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  34.68 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  31.23 
 
 		 318 aa  133  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 312 aa  128  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 345 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  35.47 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 328 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 324 aa  122  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 335 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 323 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.16 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.91 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.85 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  33.75 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  33.75 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.75 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.75 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3085  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 329 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128123 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.92 
 
 		 305 aa  115  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.19 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.18 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  41.41 
 
 		 294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.09 
 
 		 325 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.14 
 
 		 307 aa  109  7.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.67 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 308 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  30.16 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 325 aa  106  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.62 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 323 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 332 aa  103  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 320 aa  103  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 306 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>