More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4880 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  632  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 325 aa  162  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 319 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  28.99 
 
 		 331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 336 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 316 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  31.79 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.77 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 314 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  27.94 
 
 		 318 aa  116  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  28.88 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 310 aa  112  9e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.42 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.41 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.04 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  26.05 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.84 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 316 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 303 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.19 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  29.74 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 306 aa  100  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 301 aa  99.4  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 320 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 306 aa  99  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  27.61 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 335 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.92 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.92 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.92 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 305 aa  97.1  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  27.92 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  23.37 
 
 		 329 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  27.92 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.92 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.92 
 
 		 305 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.92 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 308 aa  96.3  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 316 aa  95.9  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 313 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 328 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 332 aa  94.4  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 317 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  25.96 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 297 aa  92.8  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 316 aa  92.4  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>