More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4616 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  615  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4226  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 311 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.33 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 328 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  32.92 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 300 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 300 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 306 aa  132  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  29.5 
 
 		 299 aa  132  9e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  31.4 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 322 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 310 aa  123  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.45 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.45 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 312 aa  122  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.88 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.58 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.15 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.33 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  29.59 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.33 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  28.85 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>