More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_1735 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
300 aa  592  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  85.62 
 
 
300 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  84.28 
 
 
300 aa  510  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  80.94 
 
 
300 aa  483  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  79.26 
 
 
300 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  79.26 
 
 
300 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  78.93 
 
 
300 aa  476  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  80.94 
 
 
300 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  80.94 
 
 
300 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  80.94 
 
 
300 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  80.94 
 
 
300 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  80.94 
 
 
300 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  80.94 
 
 
300 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  80.27 
 
 
300 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  80.94 
 
 
300 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  80.27 
 
 
300 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  79.6 
 
 
300 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  79.6 
 
 
300 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  57.53 
 
 
304 aa  335  3.9999999999999995e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 
301 aa  332  5e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  56.85 
 
 
297 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 
306 aa  303  2.0000000000000002e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2812  transcriptional regulator, LysR family  55.82 
 
 
297 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260123  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2406  transcriptional regulator, LysR family  55.82 
 
 
298 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.237707  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  49.48 
 
 
308 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  49.48 
 
 
308 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  49.48 
 
 
308 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  49.48 
 
 
308 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  49.48 
 
 
308 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 
305 aa  282  6.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  46.88 
 
 
298 aa  273  3e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
311 aa  272  6e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  48.44 
 
 
308 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 
308 aa  267  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  48.44 
 
 
308 aa  267  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 
308 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  48.44 
 
 
308 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.44 
 
 
308 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 
308 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 
308 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  48.44 
 
 
308 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 
309 aa  236  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6026  transcriptional regulator, LysR family  44.18 
 
 
323 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.306271 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2261  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
327 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015207  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
297 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  39.44 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4699  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
340 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254912  normal  0.0113206 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
297 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
305 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 
302 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.7 
 
 
302 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  38.23 
 
 
300 aa  188  9e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 
322 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 
298 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.19 
 
 
297 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 
310 aa  179  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
298 aa  179  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 
310 aa  179  7e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
306 aa  177  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
312 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
298 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
298 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
298 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
307 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
298 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 
317 aa  170  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
317 aa  171  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
317 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 
317 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 
317 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
295 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
295 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
295 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
317 aa  169  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
317 aa  169  6e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
296 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
299 aa  169  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
313 aa  167  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
304 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
298 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
307 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
307 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 
299 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 
299 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
295 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.162722 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>