More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3165 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  620  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  96.64 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 306 aa  385  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  236  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.62 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 299 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 299 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 316 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 313 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  32.2 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.53 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  148  9e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 313 aa  147  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 305 aa  142  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.22 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5965  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0576334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 299 aa  132  9e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  29.79 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  27.59 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>