More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1784 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  609  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
300 aa  203  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
309 aa  179  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
304 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
308 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
299 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
328 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 
302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
298 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 
300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
322 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
300 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
305 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
305 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
305 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
297 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.8 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.43 
 
 
304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
297 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
300 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
307 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
300 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  32.89 
 
 
300 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
300 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
300 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
300 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
300 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 
302 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
300 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 
299 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
305 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2536  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
311 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.481736 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
299 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
300 aa  142  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
304 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 
299 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
300 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
305 aa  139  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 
313 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6811  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
309 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.659925  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
307 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
316 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
305 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
309 aa  138  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 
310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 
305 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 
305 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
300 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
300 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
293 aa  135  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
301 aa  135  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
294 aa  135  9e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6428  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
301 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.410616 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5866  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
322 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  31.34 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5443  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
311 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.261718  normal  0.0544957 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6140  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
301 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
312 aa  134  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  31.27 
 
 
297 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 
298 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
296 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 
297 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
317 aa  129  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
317 aa  129  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 
317 aa  129  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 
317 aa  129  6e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.18 
 
 
313 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 
308 aa  129  7.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 
317 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
317 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 
350 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
306 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 
306 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
298 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  31.3 
 
 
308 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
298 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>