More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5879 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  594  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  83.78 
 
 
297 aa  494  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  59.66 
 
 
302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  60 
 
 
299 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  60 
 
 
299 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 
302 aa  299  4e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 
310 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  53.26 
 
 
310 aa  282  4.0000000000000003e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  53 
 
 
298 aa  276  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 
299 aa  242  5e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 
299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 
306 aa  206  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
296 aa  195  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
293 aa  192  5e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.53 
 
 
313 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 
298 aa  185  9e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
297 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
297 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  38.41 
 
 
306 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
297 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
305 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
305 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
305 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
300 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
297 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
300 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
305 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
300 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
297 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  38.19 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 
322 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  38.28 
 
 
297 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
312 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
297 aa  169  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
298 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
306 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
300 aa  169  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.47 
 
 
296 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
306 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
297 aa  167  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  36.7 
 
 
309 aa  167  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  37.59 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
297 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
305 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
296 aa  166  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
307 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
307 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
307 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 
296 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5965  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0576334  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
298 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
301 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
298 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 
305 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
298 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.59 
 
 
304 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
298 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  34.25 
 
 
308 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
308 aa  160  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 
305 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 
316 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
300 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 
317 aa  159  6e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 
317 aa  159  6e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
317 aa  159  6e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
317 aa  159  6e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
317 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 
317 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
317 aa  159  8e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  33.9 
 
 
308 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  33.9 
 
 
308 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  33.9 
 
 
308 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  33.9 
 
 
308 aa  158  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
306 aa  158  9e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
313 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 
308 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 
308 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
308 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.83 
 
 
308 aa  156  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  31.12 
 
 
287 aa  157  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
308 aa  156  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  34.83 
 
 
308 aa  156  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
308 aa  156  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>