More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5102 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
302 aa  605  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 
328 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5443  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
311 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.261718  normal  0.0544957 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5866  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
309 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 
300 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1221  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
313 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6811  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
309 aa  182  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.659925  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
298 aa  182  8.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5385  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 
313 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.121363 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
309 aa  169  7e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
304 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
321 aa  161  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
297 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
297 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
297 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
297 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  35.27 
 
 
297 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4168  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 
298 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.399858 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4119  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 
298 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5388  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 
299 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
364 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4046  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 
298 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
299 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  31.54 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  35.79 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
305 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
300 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 
299 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
313 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
304 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.48 
 
 
302 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
314 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 
300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 
299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.65 
 
 
304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.08 
 
 
297 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
307 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
307 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
308 aa  138  8.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
300 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
300 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 
298 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
300 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
306 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 
313 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  30.41 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
296 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
297 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
299 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
302 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4078  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
300 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2043  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
307 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
306 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  30.07 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  30.07 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2536  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
311 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.481736 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  30.07 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
294 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
316 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  30.07 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
299 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
317 aa  132  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
297 aa  132  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
322 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
306 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.05 
 
 
313 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 
317 aa  132  9e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 
317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 
317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
305 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
300 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>