More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0713 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  75.67 
 
 		 302 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 299 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 298 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 310 aa  309  2.9999999999999997e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  57.14 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.59 
 
 		 297 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  57.39 
 
 		 299 aa  298  7e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  57.39 
 
 		 299 aa  298  7e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  54.11 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 299 aa  242  5e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  38.64 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 322 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 312 aa  177  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  37.54 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  38.98 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  34.97 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.68 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 322 aa  162  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 317 aa  159  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 317 aa  159  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 317 aa  159  5e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 317 aa  159  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 317 aa  159  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 298 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 300 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 298 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 300 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  38.1 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 302 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5965  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0576334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.81 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>