More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1166 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  617  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  96.64 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 306 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 302 aa  232  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  221  9e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.67 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 310 aa  217  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 297 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 322 aa  168  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  33.22 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 317 aa  156  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 317 aa  156  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 317 aa  156  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 317 aa  156  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 317 aa  156  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 304 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 304 aa  148  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.92 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5965  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0576334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  28 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  31.51 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 302 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.91 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 328 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  27.93 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>