More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5965 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5965  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  586  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0576334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.36 
 
 		 313 aa  295  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.02 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 310 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  34.11 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 312 aa  165  9e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 302 aa  165  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 297 aa  148  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 307 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 307 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 305 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.68 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  36.05 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.47 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 295 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6140  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6428  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.410616 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 298 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>