More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_0884 on replicon NC_008060
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  98.99 
 
 
298 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  93.62 
 
 
298 aa  547  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  93.96 
 
 
298 aa  548  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  93.62 
 
 
298 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  89.19 
 
 
297 aa  523  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  72.79 
 
 
297 aa  430  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  75.86 
 
 
294 aa  426  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 
308 aa  288  6e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  53.15 
 
 
301 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 
294 aa  247  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
314 aa  193  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
297 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
297 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
297 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.37 
 
 
313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
297 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
305 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  32.65 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
306 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
305 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.03 
 
 
297 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
312 aa  160  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
300 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 
302 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 
322 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
293 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 
299 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.18 
 
 
302 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
305 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  32.11 
 
 
300 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
307 aa  155  6e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  33.22 
 
 
308 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  33.22 
 
 
308 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.29 
 
 
311 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  33.22 
 
 
308 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  33.22 
 
 
308 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 
299 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
304 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.29 
 
 
311 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.29 
 
 
311 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.29 
 
 
311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 
299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.29 
 
 
311 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.29 
 
 
311 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.29 
 
 
311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 
298 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
309 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  32.53 
 
 
308 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 
300 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 
306 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
302 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
307 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
296 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
306 aa  149  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 
300 aa  149  5e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
305 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
299 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
298 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
328 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
307 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
315 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
299 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
299 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
305 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
300 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
300 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
297 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 
300 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
305 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 
308 aa  139  6e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
308 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
308 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
320 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
296 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
300 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
296 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
300 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>