More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1141 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  592  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  79.58 
 
 		 306 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  79.24 
 
 		 306 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  70.21 
 
 		 296 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  70.21 
 
 		 296 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  69.26 
 
 		 301 aa  398  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  68.38 
 
 		 297 aa  390  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 296 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 301 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  65.97 
 
 		 296 aa  374  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  67.13 
 
 		 301 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  67.47 
 
 		 301 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  67.47 
 
 		 301 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 293 aa  341  7e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 297 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  42.7 
 
 		 287 aa  229  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  36.33 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.15 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 310 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.86 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 302 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 310 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 307 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 304 aa  149  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 299 aa  149  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 300 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 295 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 304 aa  145  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 364 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.19 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.66 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1321  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.428076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4623  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>