More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2595 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 		 301 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  97.67 
 
 		 301 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  92.03 
 
 		 301 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  77.47 
 
 		 296 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  75.43 
 
 		 296 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  72.26 
 
 		 306 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  72.51 
 
 		 301 aa  422  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  71.92 
 
 		 306 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  67.47 
 
 		 297 aa  386  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 296 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 297 aa  367  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  63.19 
 
 		 296 aa  358  6e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 293 aa  318  7e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  41.67 
 
 		 287 aa  220  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 322 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.37 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  33.79 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 306 aa  162  9e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 317 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 302 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 304 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 328 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 314 aa  149  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  149  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 310 aa  150  4e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 302 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 295 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 322 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.09 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 307 aa  138  8.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 364 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1361  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 309 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370021  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4623  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 299 aa  135  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.84 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  33.68 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>