More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_5612 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
294 aa  579  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  80.76 
 
 
308 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  77.55 
 
 
301 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 
297 aa  293  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  55.94 
 
 
297 aa  292  4e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  55.17 
 
 
298 aa  291  6e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 
298 aa  285  8e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 
298 aa  285  9e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
298 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
298 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
294 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
298 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 
294 aa  258  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
314 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
364 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.79 
 
 
313 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
300 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
293 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
322 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 
302 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.1 
 
 
304 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 
302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
297 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
309 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
328 aa  149  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
301 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
297 aa  149  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  32.99 
 
 
297 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
312 aa  145  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
310 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
307 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
299 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 
298 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
307 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
300 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
298 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
307 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
307 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 
306 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  33.1 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
310 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
297 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
306 aa  142  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 
302 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
298 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 
296 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
307 aa  139  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
305 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
296 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
300 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
300 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
322 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
304 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
298 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  30.88 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
305 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
305 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6428  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
301 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.410616 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
300 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  31.97 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 
302 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6140  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
297 aa  133  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  31.63 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  31.63 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 
299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  31.63 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  31.63 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.6 
 
 
299 aa  132  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  33.91 
 
 
301 aa  132  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.59 
 
 
296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.25 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.25 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 
317 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 
299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>